1990-91: Η επόμενη χρονιά έφερε μια προσωρινή παύση στην ξέφρενη πορεία των τελευταίων ετών. Ο Ο.Φ.Η. τερμάτισε 8ος με 34 βαθμούς. Στο Κύπελλο έφτασε μέχρι τα προημιτελικά, όπου αποκλείστηκε στα πέναλτι από τον Πανιώνιο.
1991-92: Σταθερά στο πρώτο μισό του βαθμολογικού πίνακα, ο Ο.Φ.Η κατέλαβε την 6η θέση με 34 βαθμούς. Αποκλείστηκε και πάλι στα προημιτελικά του Κυπέλλου, αυτή τη φορά από την ΑΕΚ.
1992-93: Η επιστροφή του Ο.Φ.Η. στις επιτυχημένες χρονιές. Με εκπληκτικές εμφανίσεις τερμάτισε στην 4η θέση και εξασφάλισε την συμμετοχή του στο Κύπελλο UEFA.
Η συγκομιδή του ήταν 66 βαθμοί, καθώς ήταν το πρώτο πρωτάθλημα που εφαρμόστηκε το σύστημα 3-1-0, έχοντας μάλιστα 9 βαθμούς διαφορά από τον 5ο Π.Α.Ο.Κ.
1993-94: Ο Ο.Φ.Η. κατέλαβε την 7η θέση του βαθμολογικού πίνακα, με 47 βαθμούς.
1994-95: Ο Ο.Φ.Η. τερμάτισε 9ος με 49 βαθμούς.
1995-96: Κατέλαβε την 5η θέση, συγκεντρώνοντας 57 βαθμούς. Ο Ο.Φ.Η. ανταγωνίστηκε τον Ηρακλή με έπαθλο τη συμμετοχή στο Κύπελλο UEFA, αλλά δεν τα κατάφερε μόλις για 1 βαθμό, στην τελευταία αγωνιστική. Τότε ο Ο.Φ.Η. επικράτησε του Απόλλωνα στη Ριζούπολη με 1-0, αλλά ο Ηρακλής με ένα γκολ στις καθυστερήσεις νίκησε τον Πανηλειακό στον Πύργο (1-2) και κέρδισε τη μάχη της ευρωπαϊκής συμμετοχής.
1996-97: Η ευρωπαϊκή έξοδος επιτεύχθηκε την αμέσως επόμενη περίοδο. Η ισοπαλία στο ΟΑΚΑ με τον Παναθηναϊκό με 1-1, στις 18 Μαΐου με την κεφαλιά του Γιώργου Κουτσουπιά, έμεινε ως «ορόσημο» στην ιστορία της ομάδας μας. Ο Ο.Φ.Η. τερμάτισε 3ος με 66 βαθμούς, αφήνοντας 4ο τον ΠΑΟΚ και εκτός Ευρώπης τον Παναθηναϊκό.
1997-98: Αυτή τη σεζόν ο Ο.Φ.Η. είχε μία ακόμα εξαιρετική ευρωπαϊκή πορεία, αλλά στο πρωτάθλημα τερμάτισε 7ος με 49 βαθμούς.
1998-99: Ο Ο.Φ.Η. τερμάτισε στην 8η θέση, συγκεντρώνοντας 51 βαθμούς.
1999-00: O προπονητής του Ο.Φ.Η., Ευγένιος Γκέραρντ ανακοινώνει την αποχώρησή του από την τεχνική ηγεσία της ομάδας. Η 4η θέση με 63 βαθμούς αποτέλεσε εντυπωσιακή συγκομιδή με το ευρωπαϊκό εισιτήριο να καταλήγει για μια ακόμα σεζόν στην Κρήτη.
