Tην αγωνιστική σεζόν 1986 - 87 ο O.Φ.Η. εκπροσωπεί για πρώτη φορά την Κρήτη και την Ελλάδα στην Ευρώπη (Κύπελλο UEFA) με αντίπαλο την Hajduk Split (1-0/0-4).
Έναν χρόνο αργότερα (1987 - 88) ο Ο.Φ.Η. συμμετείχε και πάλι στο Κύπελλο UEFA. Πρώτη πρόκριση στην ιστορία του, αφού πέρασε την Vitosha Sofia (Vitosha – Ο.Φ.Η. 1-0/1-3) στον πρώτο γύρο και αποκλείστηκε από την Atalanta στο δεύτερο (Ο.Φ.Η. – Atalanta 1-0/0-2).
Ο Ο.Φ.Η. διέγραψε μια επιτυχημένη πορεία στο Κύπελλο UEFA της σεζόν 1993-94. Στον πρώτο γύρο απέκλεισε την SK Slavia Prague με 1-1 στην Πράγα και 1-0 στο Ηράκλειο. Στο δεύτερο γύρο, σημειώθηκε μια από τις πιο σημαντικές στιγμές στην ιστορία του Ο.Φ.Η., αφού απέκλεισε την Atletico Madrid (ήττα 1-0 στη Μαδρίτη και νίκη 2-0 στο «Θ. Βαρδινογιάννης»). Η πορεία του Ο.Φ.Η. στην Ευρώπη ολοκληρώθηκε απέναντι στην Boavista, από την οποία υπέστη δύο ήττες με 1-4 και 2-0.
1995-96: Στην αρχή της περιόδου, ο Ο.Φ.Η. δοκίμασε την τύχη του στο νεοσύστατο Κύπελλο «Intertoto». Πέρασε ως 2ος από τον όμιλο, χάνοντας μόνο από τη Bayer Leverkusen και προκρίθηκε στους «16» της διοργάνωσης, όπου ηττήθηκε σε εκτός έδρας αγώνα από την Bursaspor με 2-1, αν και είχε προηγηθεί με γκολ του Φραντζέσκου.
Αναλυτικά: Ο.Φ.Η. – Νέα Σαλαμίνα 2-1, Bayer Leverkusen – Ο.Φ.Η. 1-0, Ο.Φ.Η. –JK Tervis Pärnu 2-0, Budućnost – Ο.Φ.Η. 3-4, Bursaspor – Ο.Φ.Η. 2-1
1997-98: Στο Κύπελλο UEFA ο Ο.Φ.Η. κατάφερε να προχωρήσει 3 γύρους. Πρώτη του αντίπαλος ήταν η KR Reykjavík. Ο πρώτος αγώνας μεταξύ των δυο ομάδων έληξε ισόπαλος (0-0). Στο δεύτερο αγώνα η ομάδα μας επικράτησε με σκορ 3-1 και πήρε το «εισιτήριο» για την επόμενη φάση.
Επόμενος αντίπαλος ήταν η Ferencváros. Στο πρώτο παιχνίδι ο Ο.Φ.Η. επικράτησε με σκορ 3-0 στην έδρα του, ενώ στον επαναληπτικό ηττήθηκε με 2-1. Η επιτυχημένη πορεία ολοκληρώθηκε απέναντι στην AJ Auxerre (ήττα 3-1 στη Γαλλία και νίκη 3-2 στο Ηράκλειο).
2000-01: Στο Κύπελλο UEFA απέκλεισε την FK Napredak από τη Σερβία (6-0 και 0-0), αλλά στη συνέχεια αποκλείστηκε από τη Slavia Prague (2-2 στο Ηράκλειο και ήττα 4-1 στην Τσεχία).
2007-08: Ο Ο.Φ.Η. συμμετείχε στο Κύπελλο «Intertoto» και γνώρισε τον αποκλεισμό από την Tobol Kostanay με 2 ήττες (1-0, 0-1). Μάλιστα, το σύστημα της διοργάνωσης είχε αλλάξει και αρκούσε μόλις μία πρόκριση για τη συμμετοχή του Ο.Φ.Η. στο Κύπελλο UEFA, αλλά δεν τα κατάφερε.
2020-21: Την σεζόν 2020-21 ο Ο.Φ.Η. επέστρεψε στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις. Αγωνίστηκε στην β' προκριματική φάση του Europa League, όπου αντιμετώπισε τον Απόλλωνα Λεμεσού, όμως ηττήθηκε (0-1) και δεν κατάφερε να συνεχίσει στην επόμενη φάση της διοργάνωσης.
2026-27: Ο ΟΦΗ, ως κυπελλούχος Ελλάδας της σεζόν 2025-26, συμμετείχε στη φάση των play offs του Europa League και αντιμετώπισε την CSKA Sofia. O πρώτος αγώνας διεξήχθει στο Παγκρήτιο στάδιο, με την ομάδα μας να επικρατεί με σκορ 3-0 (Φούντας 2, Dickmann). Στον αγώνα ρεβάνς που διεξήχθη στη Σοφία ο ΟΦΗ νίκησε ξανά τους Βούλγαρους με σκορ 2-0 (Aitor, Θεοδοσουλάκης) και εξασφάλισε την πρόκρισή του στη League Phase του Europa League, για πρώτη φορά στην ιστορία του.
Η κλήρωση έφερε απέναντι στην ομάδα μας τις Hoffenheim (Γερμανία), Rennes (Γαλλία), Bayer Leverkusen (Γερμανία), Benfica (Πορτογαλία), Sturm Graz (Αυστρία), Hapoel Tel Aviv (Ισραήλ) και Lech Poznan (Πολωνία).
Στις 17 Σεπτεμβρίου 2026 ο ΟΦΗ υποδέχθηκε στο Παγκρήτιο στάδιο τη Hoffenheim και με γκολ των Aitor (πέτυχε το πρώτο ιστορικό γκολ του Ομίλου σε League Phase ευρωπαϊκής διοργάνωσης) και Κανελλόπουλου πανηγύρισε την πρώτη νίκη του στο UEFA Europa League. Επίσης ήταν η πρώτη νίκη του ΟΦΗ απέναντι σε ομάδα από τη Γερμανία.
Τίτλοι
• 1989 Βαλκανικό Κύπελλο
Διακρίσεις
• 1988 – Αγωνίστηκε στη «Φάση των 16» στο Κύπελλο Κυπελλούχων
• 1994 – Αγωνίστηκε στη «Φάση των 16» στο Κύπελλο UEFA